1) По дефолту через транк никакие Vlan не проходят.
У MES сделано именно так, как вы пишете. В данный момент прорабатываем варианты как реализовать, что-то аналогичное cisco trunk port
2) "sh int status" не отображает VlanID access портов:
В данный момент отображение реализовано так как вы описываете. До настоящего времени обратной связи, что это сложно читать, не поступало, возможно, просто привыкают к такому отображению.
3) Скорость работы CPU низкая
Реализация такова, что в момент sh run кратковременно(!) загружается CPU, значение зависит от размера конфигурационного файла. На передачу трафика данный скачек CPU не влиет.
4) Файл конфига избыточен ненужными/лишними командами?
Данные команды не являются избыточными. Изменять отображения информации не планируется
5) Очень медленный мониторинг по snmp.
Увеличьте предел rate-limit трафика SNMP на CPU, например, до
service cpu-rate-limits snmp 1024